ADN environnemental et diatomées, c’est pas sourcier !
Découvrez les secrets des algues microscopiques présentes dans nos lacs et rivières – les diatomées – et évaluez l’impact des activités humaines sur ces écosystèmes par l’analyse de leur ADN.
© Arnaud Guggisberg
Avec cet atelier organisé en trois rencontres réparties sur l’année scolaire, vos élèves partent dans un premier temps récolter des échantillons dans une rivière. Elles et ils s’initient à la dynamique des cours d’eau et aux problématiques des activités responsables de pollutions, ce qui leur permet de mieux comprendre et de quantifier la pression de celles-ci sur l’environnement.
Diatomées prélevées, rendez-vous au laboratoire de L’éprouvette, le temps d’une demi-journée, afin d’en extraire l’ADN. Par des méthodes innovantes utilisées dans les laboratoires de recherche, vos élèves amplifient et séquencent cet ADN afin d’identifier les espèces de diatomées présentes dans leur échantillon. Suite du programme sur le campus de l’UNIL : visitez la plateforme de génomique qui séquencera les échantillons.
La dernière session permet d’analyser les données obtenues en identifiant et en quantifiant ces espèces par des méthodes de bioinformatique pour en déduire un indice de la qualité de l’eau – l’indice diatomée – et conclure sur l’état de santé du cours d’eau. Résultats en poche, vos élèves sont amené·e·s à réfléchir et à débattre sur les thématiques de la santé des cours d’eau et de la préservation de cette ressource essentielle à la vie sur Terre.
Infos pratiques
GénétiqueNatureSanté Objectifs pédagogiques
- Se sensibiliser à la thématique de la préservation des cours d’eau
- Réaliser un échantillonnage biologique
- Se familiariser avec différentes techniques de biologie moléculaire : extraction d’ADN, quantification d’ADN, amplification PCR, d’électrophorèse, séquençage
- Découvrir des outils de recherches en visitant la plateforme de génomique de l’UNIL
- Se familiariser avec les outils de bioinformatique pour le traitement des données de génomique
- Évaluer la pollution d’une rivière à proximité
- Débattre autour des enjeux sociétaux liés à la pollution des cours d’eau et discuter des solutions à mettre en place pour garantir leur préservation
Prérequis
- Avoir des connaissances de ce qu’est l’ADN et des notions de génétique
- Option Biologie et Chimie (un atout)
Remarques
- Pour le premier atelier : se munir de bottes ou de chaussons aquatiques pour marcher dans la rivière et prévoir des vêtements imperméables en cas de pluie
- Il est possible de faire l’atelier sur quatre rencontres plus courtes au lieu de trois
- La première moitié de l’atelier de biologie moléculaire peut également être effectuée en salle de TP de votre établissement
- Les séances peuvent être réparties sur une ou deux années scolaires
Chercheur·e·s UNIL
- Nathalie Chèvre, Institut des dynamiques de la surface terrestre (IDYST), Faculté des géosciences et de l’environnement
- Julien Marquis, Plateforme Genomics Technologies Facility (GTF), Faculté de biologie et de médecine
Partenaires
- Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques des Écosystèmes Limniques (CARRTEL)
- Institut National de Recherche en Agriculture, Alimentation et Environnement (INRAE)
- Université de Savoie Mont Blanc (USMB)
- La Maison de la Rivière
- Fondation Valery
- Fondation Ernst Göhner
